ざっと調べた所ではHTMLシリアライゼーション（HTML4.0とほぼ同じ）での記述が基本である事、つまりHTMLファイルとして記述するのが推奨で、XML構文に基づいた終端スラッシュは使用に問題はなくとも、ブラウザ的には意味を成さない扱いになるそうです。
そんなわけで、不要な要素であれば記述しないほうが良いかなって結論です。

ただし今後、HTML5での記述例が増えていけばスタンダードな記述方針が生まれていくでしょうから、それに合わせて変更できるよう今回調べたことをメモっておきます。

■シリアライゼーション（データ変換）

HTMLシリアライゼーション

MIMEタイプ text/html
HTML文書の構文 HTML4.01的な記述形式

XML（XHTML）シリアライゼーション

MIMEタイプ application/xhtml+xml
XML文章の構文 XHTML的な記述形式（但しMIMEタイプに関してはIEが未対応だっためにあまり使用されなかった。）

■空要素（終端スラッシュ該当要素）

• area
• base
• br
• command
• embed
• hr
• img
• input
• keygen
• link
• meta
• param
• source

■省略可能なタグ

html

• 開始タグ 任意
• 終了タグ 任意
• 但しhtml要素の直後に空白やコメントがある場合を除く

head

• 開始タグ 任意
• 終了タグ 任意
• 但しhead要素の直後に空白やコメントがある場合を除く

body

• 開始タグ 任意
• 終了タグ 任意
• 但しbody要素の直後にscriptやstyle、空白やコメントがある場合を除く

li

• 開始タグ 必須
• 終了タグ 任意
• li要素の内容が1つだけの場合と、直後にli要素が続く場合は任意

dt

• 開始タグ 必須
• 終了タグ 任意
• 直後にdt・dd要素が続く限り任意

dd

• 開始タグ 必須
• 終了タグ 任意
• dd要素の内容が1つだけの場合と、直後にdd要素が続く場合は任意

p

• 開始タグ 必須
• 終了タグ 任意
• 内包する親要素の最後にある場合と、直後にp要素が続く場合は任意

colgroup

• 開始タグ 任意
• 終了タグ 任意
• 但しcolgroup要素の直後に空白やコメントがある場合を除く

thead

• 開始タグ 必須
• 終了タグ 任意
• 直後にtbody・tfoot要素が続く場合は任意

tbody

• 開始タグ 任意
• 終了タグ 任意
• すでに終了タグを省略されたtbody・thead・tfootがあった場合を除く

tfoot

• 開始タグ 必須
• 終了タグ 任意
• 直後にtbody要素が続くか、内包する親要素の最後にある場合は任意

tr

• 開始タグ 必須
• 終了タグ 任意
• 直後にtr要素が続くか、内包する親要素の最後にある場合は任意

th

• 開始タグ 必須
• 終了タグ 任意
• 直後にtb要素が続くか、内包する親要素の最後にある場合は任意

td

• 開始タグ 必須
• 終了タグ 任意
• 直後にtb要素が続くか、内包する親要素の最後にある場合は任意

rt

• 開始タグ 必須
• 終了タグ 任意
• rt要素の内容が1つだけの場合と、直後にrt・rp要素が続く場合は任意

rp

• 開始タグ 必須
• 終了タグ 任意
• rp要素の内容が1つだけの場合と、直後にrp・rt要素が続く場合は任意

optgroup

• 開始タグ 必須
• 終了タグ 任意
• 内包する親要素の最後にある場合と、直後にoptgroup要素が続く場合は任意

option

• 開始タグ 必須
• 終了タグ 任意
• 直後にoption・optgroup要素が続くか、内包する親要素の最後にある場合は任意